По историческим данным первые школы основывались при церквах. В 1898 году Паданский приход содержал пять школ. Первое учебное заведение недуховного ведомства появилось в 1874 году – это было земское училище в деревне Богоявленское. Через два года оно преобразовывается в двухклассное сельское училище Министерства народного образования, заведующим которого стал дъякон П.Миролюбов.
       В первый год на учёбу поступило 16 мальчиков, во второй – 11 мальчиков. Девочек обучали грамоте по домам бывшие монахини разорившегося Даниловского монастыря. И если в 1854 году в Паданском приходе из 1565 челочек грамотных мужчин было 35, а женщин – 15, то в 1897 году, по свидетельству одного из жителей села Падан, «нет семьи , где бы не было грамотных».   
       В 1913 году, в связи с 300 – летним юбилеем дома Романовых, в Паданах открывается училище 2-й ступени (обучение с 3-го по 6-й классы).   
       В 1949 году школа функционировала на мысу берега озера Сегозеро.
       В 1959 году были возведены здания начальной школы и старшей школы в центре села. Здания были деревянные, двухэтажные.
       В 1983 году школы были объединены и переведены в двухэтажное, каменное здание, которое функционирует в настоящее время.
       В 2009 году к МОУ «Паданская СОШ» путем реорганизации был присоединено МДОУ «Детский сад с.Паданы».( Постановление № 959 от 08.06.2009 г.)
       В 2011 году к МКОУ «Паданская СОШ» путем реорганизации присоединены МКОУ «Шалговаарская ООШ», МКОУ «Маслозерская ООШ».( Постановление № 851 от 25.04.2011 г.) ​​​